Vadehavet er et unikt naturområde, og i 2014 udpegede UNESCO den danske del af Vadehavet til verdensarv i lighed med de tyske og hollandske dele.
Med tidevandet føres store mængder vand ind og ud af Vadehavet to gange i døgnet. Vandet medbringer sediment, der indgår i opbygningen og udviklingen af Vadehavet. Lejlighedsvis opleves stormfloder, når vandet stuver op inde i Vadehavet, og der er på både Vadehavsøerne og fastlandet bygget diger til at modvirke oversvømmelser af lavtliggende områder og beskytte mennesker, dyr og infrastruktur mv.
Kystdirektoratet vurderer jævnligt tilstanden og dermed sikkerheden af digerne, samarbejder med borgere og lokale myndigheder, ligesom Kystdirektoratet indgår i det sønderjyske stormflodsberedskab. Kystdirektoratets primære fokus er således på sikkerheden i området, og heri indgår også vurdering af klimabetingede forandringer og deres betydning for digestyrken.
Endvidere deltager Kystdirektoratet i nationale og internationale samarbejder og projekter, der har til formål at vurdere påvirkninger af et ændret klima for Vadehavets udvikling; for eksempel om opbygningen af tidevandsfladerne kan følge med forventede havstigninger, eller hvordan ebbedeltaerne ud for dybene vil udvikle sig fremadrettet.